探针设计在线-如何实现原位杂交之探针设计
1、如何设计原位杂交的探针 探针分为好多种，你要先决定你用何种，是RNA探针还是DNA探针，杂交时，RNA-RNA结合的稳定性要比DNA-RNA好，所以RNA探针具有结合牢固、背景低等优点；DNA探针背景稍微深一些，不过也可以，标记方法比前者简单一些，另外还有寡核苷酸探针，此类探针分子量小，通透性好，但就是标记的敏感性不高。
2、如果要设计简并引物，只需根据源氨基酸序列的物种来源选择前述的八种遗传密码规则，反推至DNA序列即可。对简并引物的分析不需像一般引物那样严格。总之，“Premier”有优秀的引物自动搜索功能，同时可进行部分指标的分析，而且容易使用，是一个相当不错的软件。
3、探针分为好多种，你要先决定你用何种，是RNA探针还是DNA探针，杂交时，RNA－RNA结合的稳定性要比DNA－RNA好，所以RNA探针具有结合牢固、背景低等优点；DNA探针背景稍微深一些，不过也可以，标记方法比前者简单一些，另外还有寡核苷酸探针，此类探针分子量小，通透性好，但就是标记的敏感性不高。
引物设计:这些条件记得遵守
引物自身及引物之间不应存在互补序列。引物自身不应存在互补序列，否则引物自身会折叠成发夹结构（Hairpin）使引物本身复性。这种二级结构会因空间位阻而影响引物与模板的复性结合。引物形成引物二聚体（Dimer与Cross dimer）的形成。引物之间不能有连续4个碱基的互补。
引物应当超出限制性内切酶识别位点至少3个核苷酸。
引物设计原则：长度： 18~30 bp， 20 bp左右最为常用。引物过短易导致非特异性打增；较长引物特异性强，但退火效率低，且易形成二级结构，从而导致PCR产量少。
引物长度： 15-30bp，常用为20bp左右。
荧光定量PCR引物设计用什么序列,是该基因的基因组序列吗
1、“基因序列”就是基因核苷酸序列“设计引物就是直接根据基因序列来设计的 不用知道全长，只要基因两段的序列就能设计引物了。
2、可以根据其其近缘种的保守基因序列设计，但通常都很难得到全长。要得到基因全长，可先得到中间片段序列，然后RACE或者Inverse PCR都可以尝试下。如果近缘种序列同源性很高，还可以参考其他物种序列，设计几对引物，直接扩增基因全长。
3、引物是人工合成的两段寡核苷酸序列，一个引物与目的基因一端的一条DNA模板链互补，另一个引物与目的基因另一端的另一条DNA模板链互补。
4、目标序列选择：首先，确定你要扩增的特定质粒DNA序列。这可能是某个基因、启动子、调控元件等。 引物设计：为了设计PCR引物，你需要获取目标序列的DNA序列信息，然后选择两个大约20到25个核苷酸的引物，使其互补于目标序列的不同部位。
5、普通pcr引物设计：为了找到一对合适的核苷酸片段，使其能有效地扩增模板DNA序列。荧光定量pcr引物设计：在PCR反应体系中加入荧光基团，通过荧光信号不断累积而实现实时监测PCR全程，然后通过标准曲线对未知模板进行定量分析的方法。
6、在PCR（聚合酶链式反应）技术中，已知一段目的基因的核苷酸序列，根据这一序列合成引物，利用PCR扩增技术，目的基因DNA受热变性后解链为单链，引物与单链相应互补序列结合，然后在DNA聚合酶作用下进行延伸，如此重复循环，延伸后得到的产物同样可以和引物结合。